Una nova arma per a diagnosi di a tuberculosi è a rilevazione di a resistenza à i farmaci: un sequenziamentu miratu di nova generazione (tNGS) cumminatu cù l'apprendimentu automaticu per a diagnosi di l'ipersensibilità à a tuberculosi
Rapportu di literatura: CCa: un mudellu diagnosticu basatu annantu à tNGS è l'apprendimentu automaticu, chì hè adattatu per e persone cun menu tuberculosi batterica è meningite tuberculare.
Titulu di a tesi: Sequenziamentu di nova generazione miratu à a tuberculosi è apprendimentu automaticu: una strategia diagnostica ultrasensibile per i tubulari pulmonari paucifici è a meningite tubulare.
Périodique : 《Clinica Chimica Acta》
SE: 6.5
Data di publicazione: Ghjennaghju 2024
In cumbinazione cù l'Università di l'Accademia Cinese di e Scienze è l'Ospedale Chest di Pechino di l'Università Medica Capitale, Macro & Micro-Test hà stabilitu un mudellu di diagnosi di a tuberculosi basatu annantu à a nova generazione di tecnulugia di sequenziamentu miratu (tNGS) è u metudu di apprendimentu automaticu, chì hà furnitu una sensibilità di rilevazione ultra-alta per a tuberculosi cù pochi batteri è a meningite tuberculare, hà furnitu un novu metudu di diagnosi di ipersensibilità per a diagnosi clinica di dui tipi di tuberculosi, è hà aiutatu a diagnosi precisa, a rilevazione di a resistenza à i medicinali è u trattamentu di a tuberculosi. À u listessu tempu, si hè trovu chì u cfDNA plasmaticu di u paziente pò esse adupratu cum'è un tipu di campione adattatu per u campionamentu clinicu in a diagnosi di TBM.
In questu studiu, 227 campioni di plasma è campioni di fluidu cerebrospinale sò stati aduprati per stabilisce duie coorti cliniche, in quale i campioni di coorte diagnostiche di laburatoriu sò stati aduprati per stabilisce u mudellu di apprendimentu automaticu di a diagnosi di a tuberculosi, è i campioni di coorte diagnostiche cliniche sò stati aduprati per verificà u mudellu diagnosticu stabilitu. Tutti i campioni sò stati prima mirati da un gruppu di sonde di cattura mirate appositamente cuncipite per Mycobacterium tuberculosis. Dopu, basatu annantu à i dati di sequenziamentu TB-tNGS, u mudellu di l'arburu di decisione hè adupratu per realizà una validazione incruciata à 5 volte nantu à i gruppi di furmazione è di validazione di a coda diagnostica di laburatoriu, è si ottenenu e soglie diagnostiche di i campioni di plasma è di i campioni di fluidu cerebrospinale. A soglia ottenuta hè purtata in dui gruppi di test di a coda di diagnosi clinica per a rilevazione, è a prestazione diagnostica di l'apprendista hè valutata da a curva ROC. Infine, hè statu ottenutu u mudellu di diagnosi di a tuberculosi.
Fig. 1 schema di u disignu di a ricerca
Risultati: Sicondu i limiti specifichi di u campione di DNA di CSF (AUC = 0,974) è di u campione di cfDNA di plasma (AUC = 0,908) determinati in questu studiu, trà 227 campioni, a sensibilità di u campione di CSF era di 97,01%, a specificità era di 95,65%, è a sensibilità è a specificità di u campione di plasma eranu di 82,61% è 86,36%. In l'analisi di 44 campioni accoppiati di cfDNA di plasma è DNA di fluidu cerebrospinale da pazienti cun TBM, a strategia diagnostica di questu studiu hà una alta consistenza di 90,91% (40/44) in cfDNA di plasma è DNA di fluidu cerebrospinale, è a sensibilità hè di 95,45% (42/44). In i zitelli cun tuberculosi pulmonare, a strategia diagnostica di questu studiu hè più sensibile à i campioni di plasma chè i risultati di rilevazione Xpert di campioni di suchju gastricu da i stessi pazienti (28,57% VS 15,38%).
Fig. 2 Prestazione di l'analisi di u mudellu di diagnosi di tuberculosi per campioni di pupulazione
Fig. 3 Risultati diagnostichi di campioni accoppiati
Cunclusione: Un metudu di diagnosticu ipersensibile per a tuberculosi hè statu stabilitu in questu studiu, chì pò furnisce un strumentu di diagnosticu cù a più alta sensibilità di rilevazione per i pazienti clinichi cun tuberculosi oligobacillare (cultura negativa). A rilevazione di a tuberculosi ipersensibile basata annantu à u cfDNA plasmaticu pò esse un tipu di campione adattatu per a diagnosi di tuberculosi attiva è meningite tuberculare (i campioni di plasma sò più faciuli da raccoglie chè u fluidu cerebrospinale per i pazienti suspettati di tuberculosi cerebrale).
Ligamentu uriginale: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
Breve introduzione di i prudutti di rilevazione di a serie di tuberculosi Macro & Micro-Test
In vista di a situazione cumplicata di i campioni di i pazienti cun tuberculosi è di i diversi bisogni, Macro & Micro-Test furnisce un inseme cumpletu di suluzioni NGS per l'estrazione di liquefazione da campioni di sputum, a custruzione è u sequenziamentu di biblioteche Qualcomm, è l'analisi di dati. I prudutti coprenu a diagnosi rapida di i pazienti cun tuberculosi, a rilevazione di a resistenza à i farmaci di a tuberculosi, a tipizzazione di mycobacterium tuberculosis è NTM, a diagnosi di ipersensibilità di a tuberculosi negativa à i batteri è di e persone tuberculose, ecc.
Kit di rilevazione seriale per a tuberculosi è i micobatteri:
| N° Articulu | nome di u pruduttu | cuntenutu di prova di u produttu | tipu di campione | mudellu applicabile |
| HWTS-3012 | Agente di liberazione di campione | Adupratu in u trattamentu di liquefazione di campioni di sputum, hà ottenutu un numeru record di prima classe, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kit di rilevazione di quantità Qualcomm per a tuberculosi ipersensibile (metodu di cattura di sonda) | Detezione di ipersensibilità non invasiva (biopsia liquida) per a tuberculosi pulmonare negativa à i batteri è i noduli cerebrali; I campioni di e persone suspettate d'esse infettate da tuberculosi o micobatteri non tubercolari sò stati analizzati per mezu di metagenomica di sequenziamento ad alta profondità, è sò state furnite l'infurmazioni di rilevazione di se i micobatteri tubercolari o non tubercolari eranu infettati è l'infurmazioni principali di resistenza à i farmaci di prima linea di mycobacterium tuberculosis. | Sangue perifericu, fluidu di lavaggio alveolare, idrotorace è ascite, campione di puntura focale, fluidu cerebrospinale. | Seconda generazione |
| HWTS-NGS-T001 | Kit di tipizzazione di micobatteri è di rilevazione di resistenza à i farmaci (metodu di sequenziamento di amplificazione multiplex) | Test di tipizzazione di micobatteri, cumpresi MTBC è 187 NTM；A rilevazione di a resistenza à i medicinali di Mycobacterium tuberculosis copre 13 medicinali è 16 siti di mutazione principali di geni di resistenza à i medicinali. | Sputu, fluidu di lavaggio alveolare, idrotorace è ascite, campione di puntura focale, fluidu cerebrospinale. | Piattaforma duale di seconda/terza generazione |
Punti culminanti: HWTS-NGS-T001 Kit di tipizzazione di micobatteri è di rilevazione di resistenza à i farmaci (metodu di amplificazione multiplex)
Introduzione di u produttu
U pruduttu hè basatu annantu à i principali medicinali di prima è seconda linea descritti in e linee guida di trattamentu di a tuberculosi di l'OMS, macrolidi è aminoglicosidi cumunemente usati in e linee guida di trattamentu NTM, è i siti di resistenza à i medicinali coprenu tuttu u gruppu di siti ligati à a resistenza à i medicinali in u catalogu di mutazioni di u cumplessu Mycobacterium tuberculosis di l'OMS, è ancu altri geni di resistenza à i medicinali è siti di mutazione segnalati secondu l'inchiesta è e statistiche di e litterature cù punteggi elevati in casa è à l'esteru.
L'identificazione di a tipizzazione hè basata annantu à i ceppi NTM riassunti in e linee guida NTM publicate da u Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases è u cunsensu di l'esperti. I primer di tipizzazione cuncepiti ponu amplificà, sequenzià è annotà più di 190 spezie NTM.
Attraversu a tecnulugia di amplificazione PCR multiplex mirata, i geni di genotipizzazione è i geni resistenti à i farmaci di Mycobacterium sò stati amplificati da PCR multiplex, è hè stata ottenuta a cumminazione di ampliconi di geni bersaglio da rilevà. I prudutti amplificati ponu esse custruiti in biblioteche di sequenziamento à altu rendimentu di seconda o terza generazione, è tutte e piattaforme di sequenziamento di seconda è terza generazione ponu esse sottumesse à un sequenziamento à alta prufundità per ottene l'infurmazioni di sequenza di i geni bersaglio. Paragunendu cù e mutazioni cunnisciute cuntenute in a basa di dati di riferimentu integrata (cumprese u catalogu di mutazioni di u cumplessu Mycobacterium tuberculosis di l'OMS è a so relazione cù a resistenza à i farmaci), sò state determinate e mutazioni relative à a resistenza à i farmaci o a suscettibilità à i farmaci antitubercolari. Cumbinatu cù a suluzione di trattamentu di campioni di espettoratu autoaperta di Macro & Micro-Test, hè statu risoltu u prublema di a bassa efficienza di amplificazione di l'acidu nucleicu di i campioni di espettoratu clinicu (dece volte più alta di quella di i metudi tradiziunali), in modu chì a rilevazione di u sequenziamento di a resistenza à i farmaci pò esse applicata direttamente à i campioni di espettoratu clinicu.
Gamma di rilevazione di u pruduttu
34geni ligati à a resistenza à i medicinali18medicinali antituberculosi è6I droghe NTM sò stati rilevati, chì coprenu297siti di resistenza à i medicinali; Deci tipi di Mycobacterium tuberculosis è più di190Sò stati rilevati tipi di NTM.
Tavula 1: Informazioni di 18+6 Droghe +190+NTM
Vantaghju di u produttu
Forte adattabilità clinica: i campioni di sputum ponu esse rilevati direttamente cù un agente di autoliquefazione senza cultura.
L'operazione sperimentale hè simplice: a prima volta di l'operazione di amplificazione hè simplice, è a custruzione di a biblioteca hè cumpletata in 3 ore, ciò chì migliora l'efficienza di u travagliu.
Tipizzazione cumpleta è resistenza à i medicinali: copre i siti di tipizzazione è di resistenza à i medicinali di MTB è NTM, chì sò i punti chjave di preoccupazione clinica, tipizzazione precisa è rilevazione di resistenza à i medicinali, supportu di software d'analisi indipendente è generazione di rapporti d'analisi cù un solu clic.
Compatibilità: cumpatibilità di u produttu, adattazione à e piattaforme ILM è MGI/ONT mainstream.
Specificazione di u pruduttu
| Codice di u pruduttu | nome di u pruduttu | Piattaforma di rilevazione | specificazioni |
| HWTS-NGS-T001 | Kit di tipizzazione di micobatteri è di rilevazione di resistenza à i farmaci (metodu di amplificazione multiplex) | ONT、Illumina、MGI、Salus pro | 16/96rxn |
Data di publicazione: 23 di ghjennaghju di u 2024